תל אפק הוא תל המשתרע על כ-120 דונם באזור מקורות הירקון בין פתח-תקווה וראש העין של ימינו והיתה בו פעילות מהתקופה הכלקוליתית ועד התקופה העותמאנית. עד המאה העשרים היה קשה לחצות את הנחל ואזורי החציה היו בשפך הירקון במערב ובאזור נביעתו במזרח ליד תל אפק, מכאן חשיבות מיקומו של התל שאפשר ליושבים בו לשלוט על האנשים החוצים את הארץ מהשרון למישור החוף הדרומי והשפלה ולהיפך. בתל אפק חפרו שלוש משלחות שונות לאורך השנים, חפירות הצלה בוצעו בו על ידי יעקב עורי בשנים 1934-1936 ועל ידי אברהם איתן ב-1961. החפירות הנרחבות ביותר בוצעו בו ע"י פרחיה בק ומשה כוכבי מאוניברסיטת תל אביב בין השנים 1972-1985.

שמו הערבי של האתר היה תל ראס אל-עין, כלומר תל ראש העין או תל ראש המעינות. החוקרים ווילאם אולברייט ואלברכט אלט הציעו כי המקום הוא אפק המקראית. במקרא מוזכרים חמש מקומות בשם אפק או אפיק (משמעות השם היא אפיק נחל – גיא). בתרגום השבעים אפק מוזכרת כאפק לשרון, וגם ברשימה של פרעה תחותמס ה-3 מהמאה ה-15 לפסה"נ נזכרת אפק כמקום בשרון בין אונו ושוכה ואכן תל זה הוא הגדול ביותר בין שני המקומות ונמצאו בו שרידים מתקופה זו. מהתקופה ההלניסטית ידוע על עיר בשם פגאי באזור זה, שם שמשמעותו ביוונית מעיינות וגם שמה של המצודה העותמאנית – פינאר פאשה – משמעותו ראש העין.

בתקופת הברונזה המאוחרת אפק שימשה בית לסדרה של ארמונות שנבנו על התל העליון, המשך של מסורת בנית ארמונות מתקופות קדומות יותר. הארמון הראשון נבנה במאה ה-15 לפסה"נ על שרידי ארמון קדום יותר ובו פינת פולחן באותו המקום בו היתה פינת הפולחן בארמון הקדום. הארמון השני נבנה במאה ה-14 לפסה"נ על גבי הארמון הקודם. הארמון האחרון מהתקופה נבנה במאה ה-13 וזוהה כבית מושל מצרי. המבנה היה בעל שתי קומות ובשנות השלושים או הארבעים של המאה ה-13 לפסה"נ חרב בשריפה שמוטטה את הקומה השניה על הראשונה וכך חתמה ממצאים רבים מהמבנה, בין היתר: לוח טין ועליו מוטבע בכתב יתדות מכתב משליט אוגרית שבסוריה למושל המצרי בכנען, לוחות טין ששימשו כמילונים שתרגמו בין כנענית, אכדית ושומרית ועוד ממצאים כתובים.  

במהלך המאה ה-12 לפסה"נ, בראשיתה של תקופת הברזל 1, חודש היישוב בתל. בתקופה זאת היו בתל שני אזורי מגורים נפרדים, אזור אחד היה מגורי העילית בו מבנים בנויים היטב ובאזור השני היו בתים רעועים שהעידו על תושביהם העניים, באזור מגורים זה גם נמצאו קרסי דיג ומשקולות לרשתות דיג שהעידו כי יושבי אזור זה היו דייגים. לא ברורה השתייכותם האתנית של המתיישבים הראשונים באפק בתקופת הברזל אך לאחריהם הממצאים הקשורים לתרבות הפלשתית בחוף והישראלית בהר. כלי חרס פלשתיים רבים נמצאו משכבות של תקופות הברזל וגם צלמית פלשתית מטיפוס אשדודה ולוח טין עם כתב בלתי מפוענח ולא מוכר שיתכן ששימש את הפלשתים בתקופות קדומות. משכבות מאוחרות יותר של תקופת הברזל, מהמאה ה-10 לפסה"נ, נמצאו ממגורות אבן ובתי ארבעה-מרחבים האופיניים ליישובים ישראליים. העיר הישראלית חרבה בסוף המאה ה-10 לפנה"ס והשרידים שנמצאו בין תקופה זאת לתקופה ההלניסטית מעטים, עם זאת אפק מוזכרת בספר מלכים כמיושבת גם בימי יהואחז (סוף המאה ה-9 לפסה"נ), בכתובות אשוריות מראשית המאה ה-7 לפסה"נ ובמכתב של מלך עקרון מסביבות שנת 600 לפסה"נ.

מהתקופה ההלניסטית נמצאו שרידי מצודה ובתים פרטיים מהעיר ההלניסטית פגאי שהוקמה במאה ה-3 לפסה"נ. פגאי נזכרת גם בכתבי יוסף בן-מתתיהו שהזכיר כי המשלחת החשמונאית לרומא במאה השניה לפסה"נ ביקשה להעבירה לשליטת יהודה. בתקופת הורדוס הוקמה העיר אנטיפטריס על העיר ההלניסטית הקדומה ואחד מרחובותיה נחשף בחפירות, העיר חרבה ברעידת אדמה בשנת 363 לספירה ומאז לא קם יישוב נוסף על התל. בשנות השבעים של המאה ה-16 הוקמה על התל העליון מצודה עותמאנית לשמירה על המעבר, והיא האלמנט הבולט ביותר בנוף התל מאז.