מגידו הייתה אחת הערים החשובות ביותר בארץ-ישראל בתקופת המקרא. נודע לה מקום מרכזי בגיבוש תולדותיה של ארץ-ישראל בתקופה ששלטו בה מלכי כנען ואחריהם מלכי ישראל ויהודה. כאן מופיע הקרב המתועד הראשון בהיסטוריה של פרעה תחותמס ה-3 נגד ברית מלכי כנען. כאשר מדינות הערים הכנעניות התקוממו נגד ניסיונות הפרעונים להגמוניה במאה ה-15 לפני הספירה, הם התאספו כדי להילחם במגידו. הצבא המצרי, בראשות פרעה תחותמס ה-3, הפתיע את המורדים וגבר עליהם. כאן מצא את מותו יאשיהו מלך יהודה כאשר נקרא למגידו להתייצב בפני פרעה נכו המצרי (מלכים ב' כ"ג, כ"ט). זיכרון האירוע הזה, יחד עם הזיכרונות מהקרבות הגדולים שנלחמו כאן, היו כנראה הבסיס לרעיון בספר ההתגלות (ט"ז, ט"ז) שארמגדון יהיה מקום הקרב האחרון באחרית הימים . בעיר התגלו ממצאים חשובים כגון מפעל מים הנדסי משוכלל, ארמונות, אורוות, ביצורים ושערים.
תולדות החפירה
האתר במגידו נחפר שלוש פעמים בעבר, והניב כמה מהממצאים העשירים ביותר שנמצאו אי פעם בישראל. שומאכר ערך את החפירות הראשונות במקום בין השנים 1903-1905, מטעם החברה הגרמנית לחקר המזרח. ב-1925 חודשו החפירות במגידו על ידי המכון המזרחי של אוניברסיטת שיקגו. חפירות רחבות היקף אלו נמשכו עד פרוץ מלחמת העולם השנייה. בחפירות אלו נחשפו עשרים שכבות עיקריות, המכסות את כל ההיסטוריה של האתר. השרידים החשובים ביותר היו המתחם הקדוש, הביצורים והשערים המונומנטליים, מערכות המים המרשימות של האתר, ארמונות שונים ומה שנקרא "אורוות שלמה". יגאל ידין ביצע כמה עונות קצרות של חפירות במגידו בשנות ה-60 ותחילת שנות ה-70 מטעם האוניברסיטה העברית בירושלים. הוא חשף חלקית את הארמון מונומנטלי, המיוחס בדרך כלל למלך שלמה. החפירות הקודמות במגידו הניחו את היסוד לדיסציפלינה של הארכיאולוגיה המקראית. עם זאת, שיטות ארכיאולוגיות היו עדיין בחיתוליהן וכמעט כל רובד ומאפיין ארכיטקטוני מרכזי, למעשה, כמעט כל קיר וכלי שנחשפו באתר, הפכו למוקד של מחלוקת מחקרית עזה.
החל מ-1992 מתנהלת באתר חפירה של החוג לארכאולוגיה באוניברסיטת תל אביב בראשות פרופ' ישראל פינקלשטיין. החפירה מתפרשת על שישה אזורים שונים בתל, ובתקופות ארכאולוגיות שונות: ברונזה קדומה, ברונזה תיכונה, ברונזה מאוחרת ברזל I וברזל II.