תל אל-פרעה (דרום) נמצאת כ-22 ק"מ דרומית לעזה ו-26 ק"מ מערבית לבאר-שבע, קרוב לנתיב עתיק המחבר את מצרים עם סוריה ומסופוטמיה. האתר ממוקם לאורך נחל הבשור, על גבול השטח הצחיח. מיקום זה בין המדבר לאזור חקלאי מאפיין את חשיבותו של תל אל-פרעה. בפריפריה של אימפריות ומדינות אזוריות, האתר היה מכריע בניהול מגעים כלכליים ופוליטיים עם הנוודים שמדרום לו.
בנוסף לחשיבותו האזורית, האתר שירת לעתים קרובות את הצרכים של אימפריות עתיקות כמו מצרים, אשור או האחמנים. האזור היווה ממשק של האינטרסים הגיאו-פוליטיים של מצרים ושל האימפריות היבשתיות העתיקות של המזרח הקרוב. האימפריות היבשתיות הללו נאלצו להיאבק בכוחות האופוזיציה בפריפריה שלהן שיצרו קואליציות נגד המרכז. אירועים כאלה כבר היוו איום קטלני על האימפריות הללו ופעילותן נגד הקואליציות הללו בפריפריה מהווה דפוס מבני במדיניותן.
השפעה נוספת על תל אל-פרעה נובעת ממיקומה בסמוך לתוואי לכיוון חצי האי ערב, שמתחיל בחוף בעזה של היום. מסלול זה חיבר את הים התיכון עם ים סוף, ובכך הפך את תל אל-פרעה לאתר חשוב בגבולה הדרומי של ארץ ישראל העתיקה ומקום מושלם לביצוע מחקר המתמקד בהבנת תפקידה של ישראל העתיקה כאזור גבול.